اللؤلؤ يتكون داخل صدفة بعض أنواع الرخويات مثل المحار عندما يدخل جسم غريب - قد يكون قطعة رمال أو طفيلي صغير - بين صدفة المحار وجسمه الرخو، مما يسبب تهيج المحار. رد فعل المحار هو إفراز طبقات من مواد كربونات الكالسيوم (الأراغونيت أو الكالسيت) ومواد عضوية تسمى كونكيولين على هذا الجسم الغريب لتغليفه وحمايته. بمرور الزمن وتراكم هذه الطبقات تدريجياً، تتشكل حبة اللؤلؤ التي تتميز بسطح لامع وبريق فريد نتيجة التركيب البلوري للمواد المكونة لها. تتشكل هذه العملية كآلية دفاع طبيعية للمحار ضد المهيجات الداخلية.