مات الحجاج بن يوسف الثقفي بسبب مرض الأكلة التي أصابته في بطنه، وقد عانى من ألم شديد وأعراض قوية منها ما يشبه الحروق التي لم يشعر بها بسبب مرضه. استمر مرضه على هذه الحال حوالي خمسة عشر يوماً، وتوفي في شهر رمضان أو في شهر شوال سنة 95 هـ في مدينة واسط بالعراق، حيث دُفن هناك وتم إخفاء قبره بناءً على وصية يزيد بن أبي مسلم كي لا يتعرض للتدنيس أو النبش. خلال مرضه كان يشكو من شدة الألم إلى الحسن البصري، الذي نبهه إلى أنه كان قد نهيه عن التعرض للصالحين فلم يفعل. الحجاج في أيامه الأخيرة طلب أن يُعجل الله قبض روحه ولا يُطيل عذابه. تنظيف جيفه والقبر كان سرا وفق روايات تاريخية، وقد توفى عن عمر يُناهز 54 عاماً تقريباً.